- Esta música foi interpretada como sendo sobre os problemas na Irlanda do Norte, mas Dave Mustaine indicou que a música é sobre Israel (a mãe de Mustaine é judia, embora ele seja cristão). Em entrevista ao Rock Detector, Mustaine disse: “Holy Wars” não fala sobre nenhum lugar específico no tempo. Não fala de nenhum país. Ele apenas diz: 'Não olhe agora para Israel, pode ser a SUA pátria.''
Na Rádio Nacional de Israel, Mustaine disse: 'Já mencionei Israel em canções antes, em 'Holy Wars'. As guerras santas não precisam necessariamente começar em Israel. Pode ser em qualquer lugar. Há tantas guerras santas acontecendo no mundo agora mesmo. As pessoas estão morrendo por uma causa. É tão inacreditável. - Mustaine explicou que a segunda metade da música foi inspirada na história em quadrinhos O castigador , que ele adora (a música do Megadeth 'Killing Is My Business...and Business is Good', é sobre O castigador ). Quanto à primeira parte, ele explicou quando o álbum foi lançado pela primeira vez que era sobre uma experiência que aconteceu na Irlanda. Disse Mustaine: 'Descobri que o IRA aparentemente não era tão oposto ao inglês como me disseram. No entanto, a maneira que foi descrita para mim foi muito diluída. Então, eu abri minha boca enquanto estava lá, dizendo: 'Este é para a causa! Anarquia na Irlanda! Devolva a Irlanda aos irlandeses! Eu peguei muitas críticas da imprensa inglesa, e eu peguei muito dos irlandeses... e eu dou a mínima para o IRA!'
